ZAVOD ZA ELEKTRONIKU DIVISION OF ELECTRONICS

Transcription

1 Godišnji izvještaj Instituta "Ruđer Bošković" ZAVOD ZA ELEKTRONIKU DIVISION OF ELECTRONICS Predstojnik/ca: Dr. sc. Tomislav Šmuc Tel , smuc@rudjer.irb.hr Ustroj zavoda: Laboratorij za informacijske sustave, dr. sc. Dragan Gamberger, voditelj laboratorija Laboratorij za istraživanje slučajnih signala i procesa, dr. sc. Ivan Michieli, voditelj laboratorija Program rada: Istraživanja u Zavodu za elektroniku usmjerena su na tri osnovna područja: strojno učenje i metodologija otkrivanja znanja, analize stohastičkih signala i procesa, te napredne tehnike mjerenja karakteristika složenih procesa. U području primjene metoda strojnog učenja i otkrivanja znanja novost su analize podataka genske ekspresije, koji se odlikuju velikim brojem varijabli, te malim brojem primjera. To je bio poticaj za nove rezultate u području teorije otkrivanja relevantnih logičkih veza između atributa i kategorija primjera. Isto tako istražene su nove metode filtriranja atributa. Na osnovu istraživanja vezanih uz primjenu strojnog učenja u poslovnim procesima, napravljen je izvorni programski produkt. Istraživanja u području primjene strojnog učenja na vremenskim serijama rezultirala su definiranjem novih indikatora vezanih uz varijabilnost srčanog ritma. Algoritmi za indeksiranje i kompresiju podatkovnih struktura modificirani su na način da se mogu primjeniti na nukleotidne i proteinske sekvence kao dio istraživanja u bioinformatici. U području istraživanja stohastičkih signala i procesa nastavljen je rad na određivanju fraktalne i korelacione dimenzije rješenja kaotičnih sustava uz prisustvo šuma, a novo područje primjene su signali lokomotornog sustava čovjeka. U suradnji s Laboratorijem za molekularnu fiziku napravljene su simulacije i analize nelinearnih fenomena na metalnim površinama pod stohastičkim impulsnim stresom (laserski impulsi). U području mjerne tehnike, razvijen je i verificiran novi analitički postupak za korigiranje mjerne nesigurnosti prilikom mjerenja protoka plina. Tehnika mjerenja kratkih vremenskih intervala korištena je u razvoju novog kvantnog generatora slučajnih impulsa (projekt financiran od strane Svjetske banke). Od publiciranih radova treba istaknuti rad dr. D. Gambergera s grupom autora u časopisu Machine Learning. Zavod je intenzivirao međunarodnu aktivnost pokretanjem jednog NATO projekta, te dva bilateralna projekta (Slovenija i Francuska), te sudjelovanjem na dva prijedloga EU projekata šestog okvirnog programa. Research programme: Research topics of the Division of electronics fall into three broad fields: machine learning, knowledge discovery and reasoning, analytic methods for stochastic signals and processes and advanced measurement techniques for specific applications. In the area of machine learning and knowledge discovery, a new field of application, gene array expression data, triggered new research. A problem of small number of examples and huge number of variables, typical for high-throughput experiments was attacked with newly defined theory of logical links between variables and classes, as well as enhanced filtering methods. One of the new results is a novel application for the bussines decision support, based on probabilistic reasoning and active user participation scenarios. In the area of mining time series

2 104 Godišnji izvještaj Instituta Ruđer Bošković data, novel features for the characterization of heart beat variability were intorduced and tested on realistic and synthetic data. In the area of stochastic signals and processes, techniques for the determination of fractal and correlation dimensions of underlying chaotic systems under high level of noise were investigated, with application to human locomotion signals. Numerical simulations of non-linear phenomena on metal surfaces induced by stochastic laser pulses were performed, in cooperation with Laboratory for molecular physics. In the area of measurement techniques, a new analytic solution was developed for the correction of fluid flow measurements. Techniques for short time signal measurements were used in the development of novel quantum generator of random pulses (high-tech project financed by World bank). In the year Division of electronics has intensified its international cooperation in the field of intelligent data analysis through bilateral collaboration projects with KT Division, IJS, Slovenia and Universite Paris-Sud, France, as well as NATO CLG project in the field of advanced data mining for security. Projekti u sklopu zavoda: AUTOMATIZIRANO OTKRIVANJE ZNANJA I RASUĐVANJE, Nikola Bogunović, voditelj projekta ANALIZA STOHASTIČKIH SIGNALA, VREMENSKIH I PODATKOVNIH NIZOVA, Ivan Michieli, voditelj projekta Oznaka: AUTOMATIZIRANO OTKRIVANJE ZNANJA I RASUĐIVANJE AUTOMATED KNOWLEDGE DISCOVERY AND REASONING Voditelj/ica projekta: dr. sc. Nikola Bogunović Tel nikola.bogunovic@ifer.hr Suradnici na projektu: Gordan Bosanac, dipl. inž. fizike, znanstveni novak Dragan Gamberger, doktor računarstva, znanstveni savjetnik Mislav Malenica, inž. elektrotehnike i računarstva, znanstveni novak Ivan Marić, doktor elektrotehnike, znanstveni savjetnik Tomislav Šmuc, doktor elektrotehnike, znanstveni suradnik Suradnici iz druge ustanove: Bojan Jelaković, doktor med. znanosti, znanstveni suradnik, Klinička bolnica Rebro, Zagreb, (konzultant) Goran Krstačić, doktor med. znanosti, viši znanstveni suradnik, Poliklinika za prevenciju kardiovaskularnih bolesti i rehabilitaciju, Zagreb (konzultant)

3 Godišnji izvještaj Instituta "Ruđer Bošković" Nada Lavrač, doktorica matem. znanosti, znanstveni savjetnik, Institut J.Stefan, Slovenija, (konzultantica) Zdenko Sonicki, doktor med. znanosti, znanstveni suradnik, Škola narodnog zdravlja Andrija Štampar, Zagreb (konzultant) Janos Sztipanovits, doktor elektrotehnike, redovni profesor, znanstveni savjetnik, Vanderbilt University, SAD, (konzultant) Program rada i rezultati na projektu: Istraživanje u području teorije i metodologije strojnog učenja i otkrivanja znanja bilo je usmjereno na dubinsku analizu podataka dobivenih ekspresijom gena. Ti se podaci odlikuju malim brojem primjera i velikim brojem atributa. Cilj analize je razumijevanje povezanosti ekspresije gena čovjeka i dijagnoze bolesti. Posebna pažnja posvećena je teoriji otkrivanja relevantnih logičkih veza između vrijednosti atributa i pripadne klase primjera. S tim u svezi istražena je učinkovitost postupaka smanjenja dimenzijske složenosti problema, te je predložena nova, hibridna metoda filtriranja atributa. Prikladnost metode pokazana je na podacima genskih nizova za dva tipa leukemije. Istraživanje postupaka otkrivanja probabilističkog znanja rezultirala su u izvornom programskom produktu u kojem korisnik preuzima aktivnu ulogu razmatranjem različitih scenarija poslovnog procesa. Temelji implementiranih novih višeproceduralnih postupaka opisani su u magistarskom radu koji je na Fakultetu elektrotehnike i računarstva, Sveučilišta u Zagrebu nagrađen plaketom "J.Lončar". Istraživanje postupaka otkrivanja znanja u vremenskim nizovima usmjereno je na indikatore nelinearne dinamike s ciljem analize rada srca. Rezultati čine osnovicu za sudjelovanje na natjecanju u okviru istaknute međunarodne konferencije Računala u kardiologiji (engl. Computers in Cardiology). Istraživanje metoda rasuđivanja o sustavima i procesima usmjereno je na formalne postupke oblikovanja. Istraživani su raspodijeljeni računalni sustavi, te složeni mjerni sustavi i algoritmi u području mjerenja protoka fluida. Razvijen je i verificiran analitički postupak za precizni proračun izentropskog eksponenta prirodnog plina, temeljen na jednadžbi stanja, kojim se učinkovito smanjuje mjerna nesigurnost protoka. Research programme and results: Research in the field of theory and methodology of machine learning focused on the gene expression data mining. Gene data are characterized with very few instances (examples) but with very large attribute set. The data mining objectives include understanding the correlation between human gene expression and possible disease. Particular attention was paid to the theory of discovery relevant logical connections between attribute values and instance classifications. A novel attribute filter for reducing dimensional complexity of classification problems that are frequently present in gene micro-array analysis has been proposed. The filter was evaluated on two leukemia gene array data. Research on probabilistic knowledge discovery has focused on analytical and predictive capabilities of data mining tools that form the basis of business decision support systems. A novel data classification environment designed for real-world business problems that exhibit a high degree of nondeterministic behavior has been devised and implemented. It employs a variation of Naive Bayes algorithm augmented with attribute selection for eliminating redundant attributes. An embedded visual performance evaluation tool enables significantly faster convergence towards the final model. Time-series data mining has concentrated on indicators of nonlinear dynamics, aimed at human heart analysis. The results form the foundation for the participation in the international challenge organized as a part of prominent Computer in Cardiology conference. Investigation of reasoning methods on systems and processes focused on formal procedures in the design of measurement and control systems. The impact of the isentropic expansion of a

4 106 Godišnji izvještaj Instituta Ruđer Bošković natural gas to the accuracy of flow-rate measurements is investigated and the corresponding analytical procedure for the calculation of the isentropic exponent, based on natural gas extended virial type characterization equation, is derived. The simulated measurements show considerable effect of the isentropic expansion to the accuracy of flow-rate measurements. It is shown how the corresponding measurement errors can be efficiently compensated by a new procedure. Oznaka: ANALIZA STOHASTIČKIH SIGNALA, VREMENSKIH I PODATKOVNIH NIZOVA STOCHASTIC SIGNALS, TIME SERIES AND DATA SEQUENCES ANALYSIS Voditelj/ica projekta: dr. sc. Ivan Michieli Tel michieli@irb.hr Suradnici na projektu: Aleksandar Maksimović, doktor fiz. znanosti, znanstveni suradnik Branka Medved Rogina, doktor tehničkih znanosti, znanstvena suradnica Ivan Michieli, doktor tehničkih znanosti, viši znanstveni suradnik Strahil Ristov, doktor tehničkih znanosti, znanstveni suradnik Program rada i rezultati na projektu: Znanstveno-istraživački rad na projektu obuhvaća analizu i modeliranje kompleksnih dinamičkih sustava kao i razvoj specifičnih metoda obrade podataka i mjerenja signala. Nastavljen je rad na modeliranju nelinearnih sustava te generiranju, mjerenju i analizi stohastičkih signala. Istraživanja obuhvaćaju razvoj metoda ekstrakcije invarijanti nelinearnih dinamičkih sustava kao i modeliranje nestabilnosti u dinamici fluida. Rad u području obrade podatkovnih struktura usmjeren je na razvoj algoritama za indeksiranje DNA i proteinskih sekvenci. Glavni rezultati su: Primjena metoda mjerenja kratkih vremenskih intervala za mjerenje i statističku analizu vremenskih značajki kvantnog generatora slučajnih impulsa. Glavna primjena ovih generatora je u razvoju metoda za generiranje slučajnih bitova. U suradnji sa Zavodom za eksperimentalnu fiziku, a u okviru projekta Svjetske banke, započeo je razvoj kvantnog generatora slučajnih bitova, koji se razlikuje od postojećih generatora koji najčešće rade na bazi pseudo-slučajnih principa ili na bazi šuma poluvodičkih elemenata. Nastavljen je rad na određivanju fraktalne i korelacione dimenzije rješenja kaotičnih sustava uz prisustvo šuma. Istraživanje je prošireno na razvoj novih metoda ekstrakcije fraktalnih ("self-affine") struktura iz bio signala (generiranje i analiza vremenskih serija iz lokomotornog sustava čovjeka). Rad na simulaciji i karakterizaciji nelinearnih procesa je nastavljen. Po prvi put su opisane karakteristike nestabilnosti «nabora» (wrinkle) metalne površine pod stohastičkim impulsnim stresom, proizvedenim nanosekundnim laserskim impulsom. Proveden je proračun zar Boussinesq, KdV, Burgers i KdV-Burgers jednadžbe kao dio istraživanja nelinearnih fenomena koje se odvija u suradnji s Laboratorijem za molekularnu fiziku. Algoritmi za indeksiranje i kompresiju podatkovnih struktura modificirani su na način da se mogu primjeniti na nukleotidne i proteinske sekvence kao dio istraživanja u bioinformatici.

5 Godišnji izvještaj Instituta "Ruđer Bošković" Research programme and results: Scientific research on the project encompasses analysis and modeling of complex dynamical systems as well as signal processing and measurement methods development. Research in nonlinear systems modeling and sochastic signals generation, measurement and analysis is continued.the work includes development of methods for extraction of nonlinear dynamical system invariants and modeling instabilities in fluid dynamic processes. The work in sequence data processing is directed toward development of algorithms for DNA and protein sequences indexing. The main results are: Application of short time interval measurement methods to measurement and statistical analysis of quantum stochastic pulse generator timing characteristics is utilized. One of the main applications of such generator is in the research and development of new methods for random bit generation. In collaboration with Division of experimental physics, development of the quantum random bit generator on quantum principle is started (World bank project), in distinction from existing generators mostly working on pseudo-stochastic principles or semiconductor noise effects. Research in fractal (correlation) dimension calculations in the presence of noise is continued. Investigation is directed toward developing methods for extraction of self-affine (fractal-like) structures from bio-signals (human locomotion data series generation, measurement and analysis). Simulation and characterization of nonlinear processes such as stress induced wrinkle morphology and calculations for Boussinesq, KdV, Burgers i KdV-Burgers equations are also carried out as the part of the investigation of nonlinear phenomena on laser targeted metal surfaces that is going on in collaboration with the Laboratory for molecular physics. Sequence data indexing, compression and retrieval algorithms are modified to meet the requirements in applications to nucleotide and protein sequences. PRILOZI Znanstveni radovi objavljeni u časopisima koji su indeksirani u Current Contents-u: 1. Baker, James R.; Gamberger, Dragan; Mihelcic, James R.; Sabljić, Aleksandar. Evaluation of artificial intelligence based models for chemical biodegradability prediction. // Molecules. 9 (2004) ; Lavrač, Nada; Cestnik, Bojan; Gamberger, Dragan; Flach, Peter. Decision support through subgroup discovery: three case studies and the lessons learned. // Machine Learning. 57 (2004), 1-2; Knjige i poglavlja u knjigama: 1. Ujević, Filip; Bogunović, Nikola. An integrated intelligent system for data mining and decision making // Intelligent systems at the service of mankind / Elmenreich, Wilfried ; Machado, J. A. Tenreiro ; Rudas, Imre J. (ur.). Augsburg : Ubooks Verlag, Radovi objavljeni u ostalim časopisima: 1. Gamberger, Dragan; Lavrac, Nada; Zelezny, Filip; Tolar, Jakub. Induction of comprehensible models for gene expression datasets by subgroup discovery methodology. // Journal of Biomedical Informatics. 37 (2004), 4;

6 108 Godišnji izvještaj Instituta Ruđer Bošković Znanstveni radovi u tisku: 1. Lugomer, Stjepan; Maksoimović, Aleksandar; Mihaljević, Branka; Toth, Atilla; Horvath, Eniko. Surface selforganization into fractal and harmonic wrinkles under shock wave. // Physical Review A. (2004). Radovi objavljeni u zbornicima skupova: 1. Gamberger, Dragan; Lavrač, Nada. Avoiding data overfitting in scientific discovery: Experiments in functional genomics // ECAI 2004 / de Mantaras, Ramon L. ; Saitta, Lorenza (ur.). Valencija : IOS Press, Grudenić, Igor; Bogunović, Nikola. Parallel approaches to BDD manipulation // MIPRO 2004 Proceedings of the Joint Conferences Computers in technical systems and Intelligent systems / Budin, Leo ; Ribarić, Slobodan (ur.). Rijeka : HU MIPRO, Marohnić, Viktor; Debeljak, Željko; Bogunović, Nikola. Mutual information based reduction of data mining dimensionality in gene expression analysis // ITI 2004, Proceedings of the 26 th International Conference on Information Technology Interfaces / Lužar Stiffler, Vesna ; Hljuz Dobrić, Vesna (ur.). Zagreb : SRCE University Computing Centre, University of Zagreb, Pek, Edgar; Bogunović, Nikola. Formal verification of logical link control and adaptation protocol // Proceedings of the 12 th IEEE Mediterranean Electrotechnical Conference, MELECON 2004 / Matijašević, Maja ; Pejčinović, Branimir ; Tomšić, Željko ; Butković, Željko (ur.). Zagreb : IEEE, Pek, Edgar; Bogunović, Nikola. Compositional approach to verification of distributed sstems protocols // MIPRO 2004, Proceedings of the Joint Conferences Computers in Technical Systems and Intelligent systems / Budin, Leo ; Ribarić, Slobodan (ur.). Rijeka : HU MIPRO, Vojnović, Božidar. Timing-error minimization of optoelectronic pulse signals // Optoelectronic distance/displacement measurement and applications / Myllyla, Risto ; Maata, Kari ; Hast, Jukka (ur.). Oulu, Finland : Kirjapaino OuluPrint OY, Vojnović, Božidar; Maksimović, Aleksandar. Fractal signals characterization using fractal dimension approach // Microelectronics, electronics and electronic technologies / Petar Biljanović (ur.). Rijeka : MIPRO Croatia, Vojnović, Božidar; Medved Rogina, Branka. Improvement of Ultra-wide-band signal timing // Microelectronics, Electronics and electronic technologies / Petar Biljanović (ur.). Rijeka : MIPRO Croatia, Zovko-Cihlar, Branka; Medved Rogina, Branka; Grgić, Sonja. Interference supression in wireless digital video communication networks // Proceedings of the 1 st International Conference on Information & Communication Technologies: from Theory to Applications, ICTTA'04. Damask : IEEE, , 1-5. Magistarski radovi 1. Ujević, Filip. Postupci analize podataka u izgradnji profila korisnika usluga / Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, , 137 str. voditelj: Bogunović, Nikola. Diplomski radovi: 1. Pavlek, Stjepan. Potpora upravljanju poslovnim procesima temeljena na dubinskoj analizi podataka / Zagreb : Fakultet elektrotehnike i računarstva, , 55 str. voditelj: Bogunović, Nikola.

7 Godišnji izvještaj Instituta "Ruđer Bošković" Elaborati, izvještaji i studije: 1. Vojnović, Božidar. Stohastički analizator impulsa, Kolokviji i seminari održani u Institutu Ruđer Bošković : Ristov, Strahil: Računarska znanost i bioinformatika: sekvence i algoritmi, Šmuc, Tomislav: Moore-ov zakon, DNA2ASCII i dalje, Kolokviji i seminari održani u drugim ustanovama: Gamberger, Dragan: Subgroup discovery experiments in functional genomics, Institut Jozef Stefan, Ljubljana, Slovenija, Gamberger, Dragan: Avoiding data overfitting in scientific discovery: Experiments in funcional genomics, Universite Lyon 2, Lyon, Francuska, Maksimović, Aleksandar: Vizualizacija molekula, Institut za fiziku sveučilišta, Zagreb, Hrvatska, Ristov, Strahil: Seminar za teorijsko računarstvo; Ziv-Lempel komprimirano trie stablo i primjene, Fakultet strojarstva i brodogradnje, Zagreb, Hrvatska, Sudjelovanja na kongresima: ECML/PKDD 2004 Pisa, Italija, Sudionici: Gamberger, Dragan Prilozi: Lavrač, N.; Gamberger, D. Relevancy constraints revisited in ROC space MICROELECTRONICS, ELECTRONICS AND ELECTRONIC TECHNOLOGIES, MIPRO Opatija, Hrvatska, Sudionici: Vojnović, Božidar; Maksimović, Aleksandar; Medved Rogina, Branka; Bogunović, N. Prilozi: Vojnović, Božidar; Maksimović, Aleksandar: Fractal Signals Characterization Using Fractal Dimension Approach, Vojnović, Božidar; Medved Rogina, Branka: Improvement of Ultra-Wide-Band Signal Timing, Pek, E., Bogunović, N., Compositional approach to verification of distributed systems Protocols, predavanje Grudenic, I., Bogunović, N., Parallel approaches to BDD manipulation, predavanje 1 st INTERNATIONAL CONFERENCE ON INFORMATION & COMMUNICATION TECHNOLOGIES: FROM THEORY TO APPLICATIONS, ICTTA 04

8 110 Godišnji izvještaj Instituta Ruđer Bošković Damask, Sirija, Sudionici: Medved Rogina, Branka Prilozi: Zovko-Cihlar, Branka; Medved Rogina, Branka; Grgić, Sonja: Interference Supression in Wireless Digital Video Communication Networks, OPTOELECTRONIC DISTANCE/DISPLACEMENT MEASUREMENT AND APPLICATIONS Oulu, Finska, Sudionici: Vojnović, Božidar Prilozi: Vojnović, Božidar: Timing-Error Minimization of Optoelectronic Pulse Signals, Međunarodni ugovori i suradnja s drugim ustanovama: Gamberger, D.: Intelligent Data Analysis, bilateralna suradnja između Hrvatske i Slovenije, Institut Jozef Stefan, Ljubljana, Slovenija Posjete inozemnih stručnjaka Institutu Ruđer Bošković : Nada Lavrač, Institut Jozef Stefan, Ljubljana, Slovenija, Znanstveni skupovi u organizaciji Instituta Ruđer Bošković : PRVA BIOINFORMATIČKA RADIONICA NA IRB-U Zagreb, Hrvatska, FIRST INTERNATIONAL LJUBLJANA-ZAGREB WORKSHOP ON KNOWLEDGE TECHNOLOGIES (zajedno sa Institutom Jozef Stefan) Cerkno, Slovenija, IWKT 2004, SECOND INTERNATIONAL LJUBLJANA-ZAGREB WORKSHOP ON KNOWLEDGE TECHNOLOGIES (zajedno sa Institutom Jozef Stefan) Opatija, Hrvatska, Poslijediplomska i dodiplomska nastava: Dodiplomska nastava: OPTIČKE KOMUNIKACIJSKE MREŽE Elektrotehnika, Radiokomunikacije i profesionalna elektronika, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu Voditelj(i): Medved Rogina, Branka; Šipuš, Zvonimir Predavač(i): Medved Rogina, Branka; Šipuš, Zvonimir OPTIČKI KOMUNIKACIJSKI SUSTAVI, LABORATORIJSKE VJEŽBE Elektrotehnika, Radiokomunikacije i profesionalna elektronika, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu

9 Godišnji izvještaj Instituta "Ruđer Bošković" Voditelj(i): Šipuš, Zvonimir Predavač(i): Medved Rogina, Branka OPTOELEKTRONIČKI SKLOPOVI, LABORATORIJSKE VJEŽBE Elektrotehnika, Radiokomunikacije i profesionalna elektronika, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu Voditelj(i): Šipuš, Zvonimir Predavač(i): Medved Rogina, Branka POLICIJSKA OPERATIVNA TEHNIKA Studij kriminalistike, Policijska akademija, Visoka policijska škola u Zagrebu Voditelj(i): Medved Rogina, Branka; Posavec, Boris Predavač(i): Medved Rogina, Branka; Posavec, Boris Poslijediplomska nastava: ALGORITMI U BIOINFORMATICI Računarstvo, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Sveučilište u Zagrebu Voditelj(i): Ristov, Strahil; Mornar, Vedran Predavač(i): Ristov, Strahil; Mornar, Vedran OTKRIVANJE ZNANJA U MEDICINSKIM DOMENAMA doktorski studij, Medicinski fakultet, Sveučilište u Zagrebu Voditelj(i): Gamberger, Dragan; Kern, Josipa Predavač(i): Gamberger, Dragan; Šmuc, Tomislav; Kern, Josipa